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高新技术企业是税收风险管理的重点，只有符合条件的高新技术企业才能享受低税率优惠，不符合条件的不得享受，已享受的须追缴已减免的企业所得税税款。
高新技术企业的条件之一是收入比例。无论是2008年发出的《科技部、财政部、国家税务总局关于印发〈高新技术企业认定管理办法〉的通知》（国科发火〔2008〕172号），还是今年初发布的《科技部、财政部、国家税务总局关于修订印发〈高新技术企业认定管理办法〉的通知》（国科发火〔2016〕32号），都要求高新技术产品（服务）收入应占到企业当年总收入的60%以上。但何为“总收入”，法规却没有规定。
早在2008年，中国注册会计师协会发布的《高新技术企业认定专项审计指引》（会协〔2008〕83号）规定，复算最近一个会计年度高新技术产品（服务）收入占申报企业当年总收入（主营业务收入与其他业务收入之和）的比例，与申报企业计算的结果核对是否一致。明确总收入为主营业务收入与其他业务收入之和。
但上述说法不是税收规定，征管实践中的“总收入”一直是个有争议的问题。有观点认为应包括营业外收入或者为《企业所得税法》第六条规定的所有收入，也有观点认为高新技术企业认定应根据企业财务会计数据认定，会计准则规定的收入才是“总收入”。
《国家税务总局关于发布〈中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表（A类，2014年版）〉的公告》（国家税务总局公告2014年第63号）中，A107041《高新技术企业优惠情况及明细表》第8行“本年企业总收入”，填报说明对此行解释，本年企业总收入：填报纳税人本年以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为税法第六条规定的收入总额。包括销售货物收入，提供劳务收入，转让财产收入，股息、红利等权益性投资收益，利息收入，租金收入，特许权使用费收入，接受捐赠收入，其他收入。明确了高新技术企业的“总收入”为《企业所得税法》第六条规定的收入，即企业的高新技术产品（服务）收入须占到税法第六条规定的收入总额的60%以上才符合条件。
但是，能否以申报表填报说明的解释作为法规依据是有争议的。
最近发布的《科技部、财政部、国家税务总局关于修订印发〈高新技术企业认定管理工作指引〉的通知》（国科发火〔2016〕195号）第三条第四款第二项规定，总收入指收入总额减去不征税收入。收入总额与不征税收入按照《中华人民共和国企业所得税法》（以下称《企业所得税法》）及《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（以下称实施条例）的规定计算。即高新技术企业的“总收入”为《企业所得税法》第六条规定的收入总额减去不征税收入。
例：
某高新技术企业2016年取得高新技术产品收入1000万元，普通产品收入200万元，取得政府补助200万元（符合不征税收入条件，按照不征税收入处理），取得股息、红利100万元，取得股权转让收入300万元（股权转让成本200万元）。
按照2014年第63号公告计算比例=1000÷（1000+200+200+100+300）×100%=55.56%<60%，不符合高新技术企业条件。
按照国科发火〔2016〕195号文件计算比例＝1000÷（1000＋200＋200＋100＋300－200）×100%＝62.5%＞60%，符合高新技术企业条件。
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